In december 2001 is het ALS Centrum opgericht door Stichting ALS Centrum Nederland. Er waren nog twee andere stichtingen actief op het gebied van ALS. In 2005 hebben Stichting ALS Centrum Nederland, Stichting Valscherm en Stichting ALS Onderzoekfonds de krachten gebundeld en gezamenlijk een nieuwe stichting opgericht: Stichting ALS Nederland.

Het ALS Centrum is sinds 1 januari 2003 gevestigd in het Universitair Medisch Centrum (UMC) Utrecht en het Academisch Medisch Centrum (AMC) Amsterdam. Sinds juni 2006 maakt ook het UMC St Radboud in Nijmegen onderdeel uit van het ALS Centrum.